(1) 抵扣税款的凭证
即取得法定扣税凭证，才可能抵扣规定的进项税额，包括:
①从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额;
增值税一般纳税人购置税控收款机所支付的增值税税额(以购进税控收款机取得的增值税专用发票上注明的增值税税额为准)，准予在该企业当期的增值税销项税额中抵扣。
增值税小规模纳税人购置税控收款机，经主管税务机关审核批准后，可凭购进税控收款机取得的增值税专用发票，按照发票上注明的增值税税额，抵免当期应纳增值税税额，或者按照购进税控收款机取得的普通发票上注明的价款，依下列公式计算可抵免税额:
可抵免税额=价款÷(1+17%)×17%
当期应纳税额不足抵免的，未抵免部分可在下期继续抵免。
②从海关取得的完税凭证上注明的增值税额;
对纳税人丢失的海关完税凭证，纳税人应当凭海关出具的相关证明,向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关完税凭证电子数据纳入稽核系统比对，稽核比对无误后，可予以抵扣进项税额。
③税务机关认定的专用收购凭证;
④税务机关认定的购买废旧物资的普通发票;
⑤专用运输业发票。
运输业发票的管理要求:
①税务局将对公路、内河货物运输业发票进行一次清理。从2003年11月1日起，提供货物运输劳务的纳税人必须经主管地方税务局认定方可开具货物运输业发票。凡未经地方税务局认定的纳税人开具的货物运输业发票不得作为记帐凭证和增值税抵扣凭证。
②从2003年12月1日起，国家税务局将对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。凡比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。
③纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
④运输发票抵扣问题
A.一般纳税人购进或销售货物(东北以外地区固定资产除外)通过铁路运输，并取得铁路部门开具的运输发票，如果铁路部门开具的铁路运输发票托运人或收货人名称与其不一致，但铁路运输发票托运人栏或备注栏注有该纳税人名称的(手写无效)，该运输发票可以作为进项税额抵扣凭证，允许计算抵扣进项税额。
B.一般纳税人在生产经营过程中所支付的运输费用，允许计算抵扣进项税额。
C.一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。
D.一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许计算抵扣进项税额。
E.一般纳税人取得的项目填写不齐全的运输发票(附有运输清单的汇总开具的运输发票除外)不得计算抵扣进项税额。
(2)抵扣税款的比率
①17% ②13% ③10% ④7% ⑤6% ⑥4%
其中，既是增值税法定税率又是扣除率的是13%。
(3)抵扣税款的计算依据
①一般纳税人向农业生产者购买的免税农业产品或向小规模纳税人购买的农业产品。
进项税额=买价×13%
买价应中包含农业特产税，未含农业特产税的应计入买价。
②一般纳税人外购货物和销售货物所支付的运输费用。
运费的进项税额=运费金额×7%
运费金额是指运输单位开具的运费结算单上注明的运费和建设基金，不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其它杂费。
③从废旧物资经营公司购入免税废旧物资用于生产的增值税一般纳税人，
生产企业增值税一般纳税人购入废旧物资回收经营单位销售的废旧物资，可按照废旧物资回收经营单位开具的由税务机关监制的普通发票上注明的金额，按10%计算抵扣进项税额。
进项税额=普通发票金额×10%
(4)不得抵扣的运费的进项税额
①外购固定资产支付的运费;
②购、销免税货物支付的运费;
③购进免税农业产品、购买废旧物资所发生的运费，特准计算进项税额抵扣。
不得抵扣增值税进项税额的计算划分问题:
纳税人兼营免税项目或非应税项目(不包括固定资产在建工程)无法准确划分不得抵扣的进项税额部分，按下列公式计算不得抵扣的进项税额:
不得抵扣的进项税额=相关的全部进项税额×免税项目或非应税项目的收入额÷免税项目或非应税项目的收入额与相关应税收入额的合计
7.不得从销项税额中抵扣的进项税额
8.进项税额转出
运费作进项税额转出时，应将计入存货成本的运费金额还原成原运费支付额，再确定曾经抵扣的进项税额。即:运费金额÷(1-7%)×7%;类似问题还有农产品和废旧物资。
(4)视同销售与进项税额转出的区别:一般自产、委托加工的货物用于非应税项目时，作视同销售处理;而已抵扣了税款的外购货物转用途，即不再为增值税产品的生产服务时，作进项税额转出。
(5)对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩(如以一定比例、金额、数量计算)的各种返还收入，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金及进货成本，不征收营业税。商业企业向供货方收取的各种收入，一律不得开具增值税专用发票。
应冲减进项税金的计算公式调整为:
当期应冲减进项税金=当期取得的返还资金/(1+所购货物适用增值税税率)×所购货物适用增值税税率
该政策反映在会计处理上:
借:有关帐户
贷:应交税金-增值税(进项税额)
库存商品
(6) 一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
